種植富硒水稻首先要考慮的自然條件是水資源，富硒水稻是需水量較大的作物（整個(gè)生育期需水量為500-800mm），在孕穗抽穗等關(guān)鍵生育期是不能缺水，即使旱稻能夠在旱地生長(zhǎng)，一生可不建立水層，若要產(chǎn)量和米質(zhì)好，此期也需要澆水（或靠降雨），保持土壤濕潤(rùn)。
據(jù)了解，富硒水稻所消耗的水量占農(nóng)業(yè)用水量的70%，是用水大戶，在水資源短缺的地區(qū)是很難大面積種植富硒水稻的，像華北平原不適宜種植富硒水稻，此前答過澳大利亞種植富硒水稻面積很少，主要原因都是水資源匱乏的問題。有的地區(qū)即使降雨量較多，但降雨分布不均勻?qū)е鲁霈F(xiàn)干旱、洪災(zāi)、暴雨等，也是影響富硒水稻種植的重要因素。
第三是光照，富硒水稻是短日照植物，在生長(zhǎng)過程中需要充足的光照（整個(gè)生育期所需光照1200-1600小時(shí)），才能促進(jìn)富硒水稻生長(zhǎng)發(fā)育，有利于干物質(zhì)的積累，光照不足會(huì)導(dǎo)致籽粒灌漿不飽滿，產(chǎn)量和品質(zhì)下降。
第四是土壤，富硒水稻的祖先野生稻生長(zhǎng)在沼澤地，其適應(yīng)性極強(qiáng)，但種植富硒水稻肯定是要追求效益，土壤不能過于貧瘠，像鹽堿地以往是不能種植富硒水稻的，現(xiàn)因富硒水稻品種（耐鹽堿富硒水稻）的突破才被逐漸開發(fā)。種植富硒水稻時(shí)要根據(jù)土壤肥力情況合理施用肥料，滿足富硒水稻生長(zhǎng)所需的營(yíng)養(yǎng)。
